晋州位于釜山以西六十公里，是全罗道和庆尚道之间的要冲，九万日军已经在釜山集结完毕。消息传到了汉城，朝鲜官军纷纷要求出战，李如松命令众军不得出战。

刘铤大骂道：“倭寇撤出平壤你不追赶，倭寇撤出汉城你不追赶，你到底是在剿倭还是在赶倭，现在倭寇就要攻打晋州了，你却作壁上观，你来朝鲜是­干­什么的？你不去，老子自带本部兵马前往。”

一直信奉游击战的义军将领郭再佑说：“日军势大，我们不宜跟其硬拼，可让晋州府使徐礼元带领全城百姓撤出晋州，等倭寇撤出晋州后再回来。”

郭再佑的劝说并没有起到作用，众位朝鲜将领群情激昂，纷纷要跟倭寇决一死战，柳成龙也无法劝说众将。

江华岛义兵将领金千镒最先率领三百义兵奔赴晋州，其他各路朝军纷纷跟进：庆尚道右兵使崔庆会率兵五百，忠清道兵使黄进率兵七百，副将张润率兵三百，高从厚率兵四百，金海府使李宗仁率兵五百纷纷向晋州进发。

各路朝鲜义军向晋州开进，众朝鲜将领众志成城、同生共死、群策群力，誓与晋州共存亡，晋州八千军士正在加固城防，作战前准备。此时，刘铤的五千兵马正从南原向晋州挺进，半路上被立花宗茂、小早川秀包截杀，一番恶战后，刘铤部退回，如此同时，加藤清正率九万大军正迅速向晋州推进，途中攻下咸安、宜宁，都元帅权慄兵败退至南原，沿途百姓纷纷涌向晋州，聚集在晋州的百姓已达六万。转瞬间，日军九万军队已经兵临晋州，各藩国旗帜迎风招展，日军迅速将晋州围得像铁桶一般，城外日军开始伐竹造梯，包围圈外日军布置了数路人马防止明军的援军。

六月二十二日，攻城开始。加藤清正带领四万人马开始四面攻打晋州城。朝军在晋州被围之前，在城池周围挖了几十个大陷坑，几百名日军瞬间掉进坑内，被坑内削尖的竹子穿破身体。接着，几万日军提着沙袋塞满陷坑和护城河，前锋日军开始登城，朝军用佛朗机炮对着城下日军猛轰。密密麻麻的日军将竹梯搭在城墙上向城上攀登，朝军的炮火、弓箭、石块抵挡不住，眼见日军就要登上来了，金千镒让人将一捆捆燃烧的柴草点燃向日军队伍中抛去，日军队伍密集，一时间，成片的日军被大火包围，金千镒又让人将成桶的油泼下，城下火势越来越大，日军被烧得四处乱窜，很多日军被同伴连累的烧死，后方日军纷纷后撤，日军阵形顿时大乱。

稍倾，日军组织了第二次进攻，为了防止朝军火攻，日军纷纷用城南的南江之水浇湿全身，金千镒看见后，在城头上“哈哈”大笑。

“拿石灰来。”金千镒喊道。

城上朝军把一铁锹一铁锹的石灰撒了下去，在微风的吹拂下，石灰都沾在了日军的身上，日军立刻跑到南江边上清洗，日军队伍又是大乱。

二十三日，加藤清正指挥日军发起潮水般的冲击，金千镒连夜让人在城上布置好巨石、滚木和装满油的桶，待到日军攻城时，朝军将巨石、滚木全部推下，攻城日军纷纷坠落城下，血­肉­模糊。待到日军又来攻城，朝军将一桶桶清油自城头泼下，接着便是火把，城下火起，朝军又将一切可燃之物扔了下去，城下日军被烧得嚎嚎大叫，待到大火烧尽，城下尸体已经累积达一尺之厚，此刻，晋州城外已是臭气熏天。加藤清正睁着血红的眼睛撤兵。

二十四日，双方俱疲，加藤清正改变战术，不再派大部队上前，改派小股日军轮番攻城，消耗朝军火炮和箭镞。在加藤清正指挥下，不断有日军攀上城墙，双方开始在城墙上混战，城墙上尸体遍地，一直到下午，日军攻势减弱，才渐渐退去。