嘉靖三十七年，居正曾经看到父亲一面。十九年的日月了，居正从一个平凡的翰林院编修，成为当国的首辅，文明也从一个平凡的府学生，成为首辅底父亲。在北京的掌握政权，在江陵的掌握利权。谁能说文明底不是呢？辽王府到手了，重行翻造，纯忠堂、捧日楼都盖好了，沙洲来了，刘总兵送来的银子，也从瞿塘三峡下来了。快得很，李太白不曾说过吗？“两岸猿声啼不住，轻舟已过万重山”，这一位七十岁的府学生想起。其余的，还有许多许多数不清的事件。七十岁的人，应当休息一下，但是这一家的事，交给谁呢？不错，还有居易、居敬，但是文明究竟放心不下。居正也谈起要迎养到北京，可是老年人搁不下江陵底山水，搁不下自己底姬妾，搁不下一切的家事。
万历三年神宗忽然问起左右的人来：“张先生底父母还在吗？”“先生底父母已经七十几岁了，”大家说，“还是好好的。”
神宗高兴得很，吩咐准备赏赐，一面亲笔写信给居正：
闻先生父母俱存，年各古稀，康健荣享，朕心喜悦。特赐大红蟒衣一袭，银钱二十两；又玉花坠七件，彩衣纱六匹，乃奉圣母恩赐：咸宜钦承，著家僮往赍之。
大致是万历五年夏间，文明病了，有时连走路都困难，居正准备请假省亲，偏偏神宗大婚的问题来了，后来婚期决定在万历六年三月，居正看到暂时走不得，索性定在大婚以后再行回去。他在给王之诰的信上提起：“老父顷患甚剧，今虽暂愈，然闻动履尚属艰难，桑榆暮景，风烛可虞。颛拟主上大婚后，乃敢乞身。（”乞身“二字不可信。文集十《先考观澜公行略》作”拟俟大礼告成当请告一省觐，“语较翔实。）今定婚期于来岁三月，则陈情之举，当在夏初矣。遥望此期，以日为岁，奈何？”（书牍九《答司寇王西石》）
文明这一年七十四岁，疾病缠绵，（敬修《文忠公行实》言“不谓一日晨出登王粲楼，蒙犯霜露，寝疾十有一日，遂卒。”与居正《答王西石书》不合。）终于在九月十三日逝世了。那时从江陵到北京，交通困难，九月二十五日，居正才得到讣闻。内阁同僚吕调阳、张四维奏明神宗，神宗颁赐御笔给居正说：朕今览二辅所奏，得知先生之父，弃世十余日了，痛悼良久。先生哀痛之心，当不知何如里！然天降先生，非寻常者比，亲承先帝付托，辅朕冲幼，社稷奠安，天下太平，莫大之忠，自古罕有。先生父灵，必是欢妥，今宜以朕为念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。（见奏疏六《闻忧谢降谕宣慰疏》）
神宗赐银五百两、纻丝十表里、新钞一万贯、白米二十石、香油二百斤、各样碎香二十斤、蜡烛一百对、麻布五十匹。两宫皇太后也是照样赐唁。二十八日礼部奉圣旨，文明“著照例与祭葬，仍加祭五坛，”身后恤典，一切从厚。
但是重大的问题来了。明代内外官吏人等有丁忧的制度，在遇到承重祖父母，亲父母底丧事，自闻丧日起，不计闰，守制二十七月，期满起复。英宗正统七年令，“凡官吏匿丧者，俱发原籍为民”；十二年令，“内外大小官员丁忧者，不许保奏夺情起复”。“丁忧”指亲丧二十七个月中，必须解职的事；期满而后，照旧做官，称为“起复”。在二十七个月中，由皇上特别指定，不许解职，称为“夺情”。夺情之事，平常很少见，但是在军队中，尤其是在作战的时候，原谈不到“丁忧”，这一类的事，古人称为“墨绖从戎”，又称“金革之事不避”。在宗法社会里面，政治就是教化，官吏就是师长；主持教化的师长，在教忠、教孝的社会里，自己先行履行对于亡父、亡母的义务，不能不算是一种合理的行为。
居正照例咨行吏部，题请放回原籍守制。吏部随即奉到圣旨：
朕元辅受皇考付托，辅朕冲幼，安定社稷，朕深切依赖，岂可一日离朕？父制当守，君父尤重，准过七七，不随朝，你部里即往谕著，不必具辞。（见奏疏六《乞恩守制疏》）
居正九月二十五日得讣，这道不许守制的上谕，也在九月发下，一切都是四、五日间之事，没有回旋的余地。本来居正夺情的事情太严重了，居正身后，经过神宗十年到四十八年这个很长的阶段，一般人因为后来神宗对于居正的反感，无从追求正确的结论；等到神宗死后，讨论可以自由的时候，夺情底经过已经成为长远的过去，时日不清楚了，事实不清楚了，伪造的根据，曲解的现实，到处作祟。于是夺情的是非，遂成为一个谜。
据说第一个主张夺情的是户部侍郎李幼孜，冯保主张夺情，居正也有意夺情，因此造成夺情的局势。其实幼孜第一个提出这个呼声，只提出时代底要求，而造成这个时代要求的，却是居正本人。
自从隆庆六年六月，居正当国以来，这五年三个月的时间，整个国家安定了。政治上了轨道，经济有了把握，太仓粟支十年，太仆寺积金四百余万；北边的俺答屈服了，土蛮虽然没有屈服，但是不断地溃败，解除了东北方的威胁；内阁里面，安静到没有一点波浪，更是嘉靖、隆庆以来没有的现象；这一切是谁底大功？居正去了，这个局面，交付那一个？徐阶七十五岁了，高拱更和冯保结下生死大仇，都谈不到回朝，在野的还有那一个干练的大臣？吕调阳是一个忠厚老实的人，他自己没有大的抱负；张四维也许还有些才气，但是资历太差，而且也没有人望，在朝的又交给谁？居正固然有三个主人，但是慈圣太后和冯保，都说不到自己掌握政权，明代根本没有太后临朝和宦官执政（王振、汪直、刘瑾、以及后来之魏忠贤、皆未直接掌握政权。）的前例；至于神宗，这时才十五岁，慈圣太后还把他当小孩看待呢，更说不到自己负责。一切的形势竟造成居正非留不可的局面。这一个局面是居正自己造成的，居正自己也看到。
其次大学士丁忧起复，不是没有故事的。成祖永乐六年六月杨荣丁优，十月起复。宣宗宣德元年正月金幼孜丁忧，随即起复。四年八月杨溥丁忧，随即起复。景帝景泰四年五月王文丁忧，九月起复。宪宗成化二年三月李贤丁忧，五月起复。这都是故事。五人之中，惟有李贤是首辅，而李贤所处的时代，是一个太平的时代，成化二年，宪宗已经二十一岁，即使李贤丁忧，也还和现在非留不可的局面，有些不同。这一切，慈圣太后、神宗、冯保，连同居正也都看到。
不许守制的上谕下来了，居正再行上疏请求，自称“是臣以二十七月报臣父，以终身事皇上”，但是语气并不十分坚定，他甚至说：臣闻受非常之恩者，宜有非常之报。夫非常者固非常理之所能拘也。臣一介草茅，忝司政本，十有余年，受先皇顾托之重，荷圣主倚毗之专，无论平日所承，隆恩异数，超轶古今，即顷者闻忧之日，两宫圣母为臣悯恻，圣心感动，为臣凄惋，慰吊之使，络绎道途，赙賵之赉，充溢筐篚，又蒙皇上亲洒宸翰，特降玺书，中间慰借之勤笃，勉喻之谆切，尚有溢于圣言之外者。臣伏而读之，一字一泪，虽旁观近听之人，亦无不伤心酸鼻者。夫自古人臣，以忠结主，商则成汤之于伊尹，高宗之于傅说，周则成王之于公旦，汉则昭烈之于诸葛亮，其隆礼渥眷，辞命诰谕之文，载在史册，至今可考，固未有谦抑下巽，亲信敬礼，如皇上之于臣，若是之恳笃者，此所谓非常之恩也。臣于此时，举其草芥微躯，摩顶放踵，粉为微尘，犹不足以仰答于万一，又何暇顾旁人之非议，徇匹夫之小节，而拘拘于常理之内乎？且人之大伦，各有所重，使幸而不相值，则固可各伸其重，而尽其所当为；不幸而相值，难以并尽，则宜权其尤重者而行之。今臣处君臣、父子，两伦相值，而不容并尽之时，正宜称量而审处之者也。况奉圣谕，谓“父制当守，君父尤重”，臣又岂敢不思以仰体，而酌其轻重乎？（奏疏六《乞恩守制疏》）
无疑地，居正是在考虑应否守制的问题了。十月初二日奉圣旨：
卿笃孝至情，朕非不感动，但念朕昔当十龄，皇考见背，丁宁以朕属卿，卿尽心辅导，迄今海内乂安，蛮貊率服，朕冲年垂拱仰成，顷刻离卿不得，安能远待三年？且卿身系社稷安危，又岂金革之事可比？其强抑哀情，勉遵前旨，以副我皇考委托之重，勿得固辞。（见上）
奉旨以后，居正上《再乞守制疏》，十月初五日复奉圣旨：
览奏，词益哀恳，朕恻然不宁。但卿言终是常理，今朕冲年，国家事重，岂常时可同？连日不得面卿，朕心如有所失。七七之期，犹以为远，矧曰三年！卿平日所言，朕无一不从，今日此事，却望卿从朕，毋得再有所陈。（见奏疏六《再乞守制疏》）
神宗甚至和吕调阳、张四维说起，即使居正再上百本，亦不能准。守制的请求，已经成为僵局，居正只得再从旁面提出，他说：仰窥皇上之心，不过以数年以来，举天下之重，尽属于臣，见臣鞠躬尽瘁，颇称意指，将谓国家之事，有非臣不办者。此殆不然也！夫人之才识，不甚相远，顾上用之何如。臣之不肖，岂真有卓荦超世之才，奔轶绝尘之力，惟皇上幸而用之，故臣得尽其愚耳！今在廷之臣，自辅臣以至于百执事，孰非臣所引荐者？观其器能，咸极一时之选。若皇上以用臣之道而用诸臣，诸臣以臣心之忠而事皇上，将臣平日所称圣贤道理，祖宗法度，此两言者，兢兢守之，持而勿失，则固可以端委庙堂而天下咸理。是臣虽去，犹未去也，何必专任一人，而使天下贤者，不得以各效其能乎？且臣尚有老母，年亦七十二岁，素婴多病，昨有家人到，致臣母意，嘱臣早归。田野之人，不知朝廷法度，将谓臣父既没，理必奔丧，屈指终朝，倚间而望，今若知臣求归未得，相见无期，郁郁怀思，因而致病，则臣之心，益有不能自安者矣。皇上方以孝养两宫，何不推此心以及臣之母乎？（同卷三《乞守制疏》）
神宗底圣旨又下了，他说：
朕为天下留卿，岂不轸卿迫切至情，忍相违拒？但今日卿实不可离朕左右。著司礼监差随堂官一员，同卿子编修嗣修，驰驿前去，营葬卿父；完日，即迎卿母，来京侍养，用全孝思。卿宜仰体朕委曲眷留至意，其勿再辞。（见前）
这道圣旨，由内阁传下，神宗再命司礼监太监何进带去亲笔谕旨：谕元辅：朕以幼冲、赖先生为师，朝夕纳诲，以匡不逮。今再三陈乞守制，于常理固尽，于先帝付托大义，岂不鲜终？况朕学尚未成，志尚未定，一日、二日万几，尚未谙理；若先生一旦远去，则数年启沃之功，尽弃之矣。先生何忍！已有旨，特差司礼监官同先生子前去造葬，事完便就迎接先生老母，来京侍养，以慰先生孝思，务要勉遵前旨，入阁办事，岂独为朕，实所以为社稷，为苍生也。万望先生仰体圣母与朕惓惓恳留至意，毋劳又有所陈。（见同卷《谢降谕慰留疏》）
这时御史曾士楚，给事中陈三谟都上疏，请留居正了。吏部尚书张瀚奉上谕慰留居正，连忙和左侍郎何维柏商议。
“丁忧守制，”维柏说，“是天经地义的事，迁就不得的。”张瀚底宗旨决定了，索性给他一个不理。吏部司官们和尚书说，请他复奏，张瀚只是一味地装糊涂。他说：大学土奔丧，应当加恩；这是礼部底事，和吏部有什么相干！
皇帝夺情的诏书屡次下来了，官员们正在纷纷请留居正，张瀚只是捶着胸膛叹息，他认为从此以后，纲常扫地，对于奉命慰留居正的上谕，始终置之不理。给事中王道成，御史谢思启上疏弹劾张瀚、何维柏，其结果张瀚勒令致仕，维柏罚俸三月，一切都是十月初的事。
夺情的局势既成，居正没有回旋的余地，他只有承认了。他说：
凡朝士大夫，见者闻者，无不恫切叹颂，皆以大义责臣，谓殊恩不可以横干，君命不可以屡抗，既以身任国家之重，不宜复顾其私。臣连日枕块自思，且感且惧，欲再行陈乞，恐重获罪戾。且大婚期近，先帝之所付托，与国家之大典礼，莫此为重，乃一旦委而去之，不思效一手一足之力，虽居田里，于心宁安？用是茹忍哀悰，不敢再申前请，谨当恪遵前旨，候七七满日，不随朝，赴阁办事，随侍讲读。（同卷《乞暂遵谕旨辞俸守制预允归葬疏》）
他提出五个条件，（一）所有应支俸薪，概行辞免；（二）所有祭祀吉礼，概不敢与；（三）入侍讲读，在阁办事，俱容青衣角带；（红袍玉带为吉服，故言青衣角带。）（四）章奏具衔，准加“守制”二字；（五）仍容明年乞假葬父，便迎老母，一同来京。条件提出以后，奉圣旨：“卿为朕勉出，朕心始慰，这所奏，俱准。归葬一节，还候旨行。”（见前疏）
居正夺情之事，虽然是局势造成的，但是造成这个局势的，何尝不是居正？张瀚勒令致仕的时候，居正还没有承认在阁办事，但是他已经推荐王国光继任吏部尚书了。他和国光说：“铨衡重任，非公不足以当之。比时孤方乞归，然不敢以去国之故，而忘谋国之心，故敢以公进。然公之忠亮，实素简于帝心，故疏上即荷俞允，非俟孤言以为用舍也。”（书牍九《答太宰王疏庵》）在苫甴昏迷的当中，居正何尝有一日忘去政权？居正称道伊尹，（文集十一《杂著》）也许他看上伊尹以天下自任的那一点，但是以天下自任，正是热中政权的一个解释。
从居正十九年没有看见文明一面的事实看来，父子之间的感情，委实已经生疏了。居正和文明中间，无论在志趣上，在事业上，都看不出一些共同的场所。十九年的日月，三千里的距离，在父子之间，造成最大的隔阂。居正当然知道丁忧只是二十七个月的请假，在这个时间以后，随时可以起复。但是起复只是一个理论。徐阶致仕了，陈以勤、李春芳致仕了，高拱、殷士儋也致仕了，除了高拱偶然一度重来以外，其余没有一个再看到北京的城阙。政权正和年光一样，是不轻易回转的。居正自从二十三岁举进士以后，经过三十一年的政治奋斗，才取得现在的政治地位，他怎能不留恋呢？
明朝的故事，首辅去位三日以后，次辅便把座位，从内阁的右边迁到左边，翰林院后辈和内阁僚属都穿红袍到内阁道贺。这一次他们穿红袍到内阁来了，大家向次辅吕调阳道贺。调阳是一个老实人，他虽然没有把座位移到左边，但是居然接受大众底道贺。一切增加居正底恚忿。他认识自己还没有去位，人情已经变了，将来当真去位，那还了得！夏言、严嵩对于当日的政权，都曾经支付血腥的代价；以后徐阶、高拱，也都经过最大的危险。现在会不会需要自己偿还这一笔血债！
留恋、畏惧，这两种强烈的情绪，占有居正底胸中。但是最大的原因，还是他舍不得当时的国家。在自己当国的五年三个月中间，整个明朝，已经从困顿的状态中解放出来，成为富强的国家；自己去位以后，会不会重行回到困顿中去？这一切，只为了一个十九年不曾见面的父亲，代价未免太大了。居正觉得李幼孜底语句还在自己耳朵里响着：皇帝冲龄，天下不可一日无相公，相公怎样忍得回去守制呀！
这样他才决定辞俸守制的办法。万历八年他在奏疏中说过：
臣又查得前代典礼与本朝律令，凡夺情起复者，皆居官食禄，与见任不殊。故先年大学士杨博、李贤等，皆从服中升官考满，以事同见任故也。今臣乃辞俸守制，皇上原未夺臣之情，臣亦未尝于制中起复，比之诸臣，事体原自不同。（奏疏九《辞考满加恩疏》）
居正辞俸守制，但是神宗没有让他枵腹从公的道理，所以万历五年十月传旨：元辅张先生，俸薪都辞了。他平素清廉，恐用度不足，著光禄寺每日送酒饭一桌，各该衙门每月送米十石、香油三百斤、茶叶三十斤、盐一百斤、黄白蜡烛一百支、柴二十扛、炭三十包，服满日止。（见奏疏六《谢内府供给疏》）
居正曾和顺天巡抚陈道基谈起当日的心境：
唁贶再临，又辱别谕云云，敢不敬承雅意。但孤暂留在此，实守制以备顾问耳，与夺情起复者不同；故上不食公家之禄，下不通四方交遗，惟赤条条一身，光净净一心，以理国家之务，终顾命之托，而不敢有一毫自利之心；所谓或远或近，或去或不去，归洁其身而已。此孤之微志也。（书牍九《答蓟镇巡抚陈我度言辞俸守制》）
“辞俸守制”是居正发见的名辞，但是一般人目光中，只看到他不奔丧，不守制，怙权贪位。居正曾经谈到“圣贤道理，祖宗法度”，这句话更引起他们底反感。《论语》是一部家喻户晓的书，那一个不曾读过？在宰我提出要把三年之丧更行缩短的时候，孔子生了大气，《论语》里还记着：宰我出，子曰：“予之不仁也！子生三年，然后免于父母之怀。夫三年之丧，天下之通丧也。予也，有三年之爱于其父母乎？”
孔子底逻辑，认定小孩在出身以后的三年中，全靠父母底爱护，因此在父母身死以后，应当守制三年，报答父母底恩爱。现在居正照旧入阁办事，还说什么守制，照旧赐酒赐饭，还说什么辞俸？一切只是名辞底簸弄，还谈什么圣贤道理？最可恨的是负着言论责任的御史、给事中，现在不但不曾弹劾，反而陈请慰留，甘心成为权门底鹰犬！一般人正痛恨着。
万历五年十月初五日，天上发见彗星，从西南方直射东北，苍白的色采，象一道几丈长的白虹，从尾星、箕星，越过牵牛，一直扫射到织女星。这真是一个很大的变异。不错，荀子曾经说过：“夫日月之有蚀，风雨之不时，怪星之党见，是无世而不常有之。上明而政平，则是虽并世起，无伤也；上暗而政险，则是虽无一至者，无益也。”（《天论》）但是荀子底话，一般人不一定读过，他们看到的只是这个非常的大变。彗星出见以后，神宗下诏修省。修省是一种反省的工作，皇帝要百官修省，百官当然也可以请皇上修省。第一个上疏的是翰林院编修吴中行，他说：居正父子异地分睽，音容不接者十有九年，一旦长弃数千里外，陛下不使匍匐星奔，凭棺一恸，必欲其违心抑情，衔哀茹痛于庙堂之上，而责以讦谟远猷，调元熙载，岂情也哉？居正每自言圣贤义理，祖宗法度。宰我欲短丧，子曰：“予也，有三年之爱于其父母乎？”王子请数月之丧，孟子曰，“虽加一日愈于已。”圣贤之训何如也？在律，虽编氓小吏，匿丧有禁，惟武人得墨衰从事，非所以处辅弼也。即云起复有故事，亦未有一日不出国门而速起视事者。祖宗之制何如也？事系万古纲常，四方视听，惟今日无过举，然后后世无遗议，销变之道无逾此者。
中行隆庆五年进士，是居正底门生，上疏以后，进谒老师，连同底稿也递上了。
“这一道奏疏，”居正愕然地问道，“已经奏上了吗？”“没有奏上以前，不敢和老师提起的，”中行说。
中行上疏的第二天，居正另外一个门生，隆庆五年进士，现任翰林院检讨赵用贤上疏：
臣窃怪居正能以君臣之义效忠于数年，不能以父子之情少尽于一日，臣又窃怪居正之勋望积以数年，而陛下忽败之一旦！莫若如先朝杨溥、李贤故事，听其暂还守制，刻期赴阙，庶父子音容乖睽阻绝于十有九年者，得区区稍伸其痛于临|茓凭棺之一痛也。国家设台谏以司法纪，任纠绳，乃今哓哓为辅臣请留，背公议而徇私情，蔑至性而创异论，臣愚窃惧士气之日靡，国事之日淆也。
用贤上疏的第二天，刑部员外郎艾穆，主事沈思孝又联名上疏了。中行、用贤上疏请令居正奔丧归葬，事毕回朝；艾穆、思孝则请令居正回籍守制。他们说：陛下之留居正也，动曰为社稷故。夫社稷所重，莫如纲常，而元辅大臣者，纲常之表也。纲常不顾，何社稷之能安？且事偶一为之者，例也，而万世不易者，先王之制也。今弃先王之制而从近代之例，如之何其可也？居正今以例留，腆颜就例矣，异时国家有大庆贺，大祭祀，为元辅者欲避则害君臣之义，欲出则伤父子之亲，臣不知陛下何以处居正，居正又何以自处也。徐庶以母故辞于昭烈曰，“臣方寸乱矣。”居正独非人子而方寸不乱耶？位极人臣，反不修匹夫常节，何以对天下后世？臣闻古圣帝明王劝人以孝矣，未闻从而夺之也；为人臣者移孝以事君矣，未闻为所夺也。以礼义廉耻风天下犹恐不足，顾乃夺之，使天下为人子者皆忘三年之爱于其父，常纪坠矣。异时即欲以法度整齐之，何可得耶？陛下诚眷居正，当爱之以德，使奔丧终制以全大节，则纲常植而朝廷正，朝廷正而百官万民莫不一于正，灾变无不可弭矣。
北京御史、给事中请留居正的奏疏来了，南京御史、给事中请留的奏疏来了，南京尚书潘晟也上疏请留了，偏偏居正底门生和刑部两个属官上疏请令奔丧，甚至请令守制。这是为的什么？是反动的势力，还是另外有什么阴谋？居正正在痛恨和愤慨。外边的风声愈来愈紧张了。从严嵩时代起，凡是攻击辅臣的，常得廷杖的处分，高拱时代不是也准备廷杖言官吗？一切都在人们底记忆中。居正在七七以内，本来没有入阁办事，他在出处方面，原有周旋的余地，神宗要留居正，便不能不给居正满意。杖、杖、杖，惟有廷杖才是满足居正的办法。然而廷杖是怎样一种处分呢？受刑未毕，随即死在廷中的故事，大家也还记得。血腥又荡漾起来。
礼部尚书马自强晋谒居正，居正匍匐在孝帏里面。自强极力为中行等解释，他说这一群少年人，固然是年少气盛，冒昧无知，但是他们只是为的国家，并不是有意攻击首辅；他说皇上盛怒之下，惟有居正上疏，为他们营救，才可免去一场大祸。自强真有些黯然了。
“居丧之中，管不了外面的事，请马尚书原谅罢，”居正匍匐着回答。
翰林院的官员们一齐上疏救援了。侍讲赵志皋、张位、于慎行、张一桂、田一俊、李长春，修撰习孔教、沈懋学都具名，但是这一次上疏，只是石沈大海，一点影响也没有。眼看吴中行等四个都要受刑了。他们焦急的了不得。新科状元沈懋学想起居正底儿子嗣修，他写信给嗣修，请他和居正说情，一连去了三封信，但是嗣修不敢向居正说。懋学惶急了，他知道李幼滋和居正接近，幼滋不是提倡讲学的吗？和他谈一些纲常之道，一定可以生效，因此懋学又去信了。幼滋底答复只是这几句：“若所言，宋人腐语，赵氏所以不竞也。张公不奔丧，与揖让、征诛，并得圣贤中道，竖儒安足知之！”居正最初请求守制，现在简直是有意不奔丧，从被动成为主动，甚至认为圣贤中道。幼滋这一番言论，更引起一般人底不满。
廷杖底执行更加迫切了。翰林院掌院学士王锡爵约齐十几位翰林院同僚，拜访居正。居正托辞不见，眼看又成僵局。锡爵急了，一直奔到孝闱前面，他又向居正疏解了。他为吴中行等辩护，他请居正申救。
“圣怒太严重了，说不得，”居正说。
‘即是圣怒严重，“锡爵侃侃地说，”也是完全为的相公。“
居正伏着叩头道，“大众要我去，偏是皇上不许我走，我有什么办法？只要有一柄刀子，让我把自己杀了吧！”（见王世贞《首辅传》卷七。又《明史纪事本末》卷六十一云，居正屈膝于地，举手索刃，作刎颈状，曰：“尔杀我，尔杀我”。《明史稿·张居正传》云：居正至引刀作自刭状，以胁之。《明史·王锡爵传》言居正径入不顾。今按世贞与锡爵往还甚密，言较可信，其余则传闻之辞也。）
锡爵骇然地退出了。就这样决定吴中行等受杖的命运。十月二十二日行刑。中行、用贤各杖六十，杖毕，拖出长安门，再用门板抬出北京。中行已经气绝，幸亏中书舍人秦柱率领医士把他救活，大腿上的腐肉割下几十块。用贤是一个胖子，总算受得起，但是大腿上割下来的腐肉有手掌大，后来他底妻索性把这块肉风干，留给子孙，作为传家的教训。在他们两人逐出北京的时候，日讲官右庶子许文穆送给中行一只玉杯，上面镌着几行字：斑斑者何卞生泪，英英者何蔺生气，追追琢琢永成器。
用贤所得的是一只犀角杯，上面也有几行字：
文羊一角，其理沈黝，不惜刻心，宁辞碎首？黄流在中，为君子寿。
艾穆、沈思孝所受的待遇更惨了。廷杖八十以后，手足加了镣梏，收监三日，再得到充军的处分，艾穆遣戍凉州，思孝遣戍神电卫。艾穆、平江人，在湖南、湖北没有分省以前，和居正算是同乡。居正痛切地说：“从前严分宜（严嵩，分宜人）当国的时候，没有同乡对他攻击，如今我比不上严分宜了。”他回想到门生和同乡都向自己攻击，真有些感慨系之。
气量宽宏的大臣，遇到这个局面，用不到愤激，更谈不上廷杖，争是非本来是很平常的，为什么要流血呢？但是明朝的政局，本来不是一个心平气和的局面，居正也不是一位气量宽宏的大臣。他总以为这样便可以压抑当时的舆论，偏偏中行等四人血流满地，气息仅属的形态只激起了一个志士底愤慨。这是万历五年新科进士，观政刑部的邹元标，后来嘉宗天启年间一位有名的大臣。元标看到廷杖以后，随即上疏：陛下以居正有利社稷耶？居正才虽可为，学术则偏，志虽欲为，自用太甚。其设施乖张者：如州县入学，限以十五、六人，有司希指，更损其数，是进贤未广也；诸道决囚，亦有定额，所司惧罚，数必取盈，是断刑太滥也；大臣持禄苟容，小臣畏罪缄默，有今日陈言而明日获谴者，是言路未通也，黄河泛滥为灾，民有驾蒿为巢，啜水为餐者，而有司不以闻，是民隐未周也；其他用刻深之吏，沮豪杰之材，又不可枚数矣。伏读敕谕：“朕学尚未成，志尚未定，先生既去，前功尽隳。”陛下言及此，宗社无疆之福也。虽然，弼成圣学，辅翼圣志者，未可谓在廷无人也。且幸而居正丁艰，犹可挽留，脱不幸遂捐馆舍，陛下之学将终不成，志将终不定耶？臣观居正疏言：“世有非常之人，然后办非常之事，”若以奔丧为常事而不屑为者：不知人惟尽此五常之道，然后谓之人；今有人于此，亲生而不顾，亲死而不奔，犹自号于世日，“我非常人也‘，世不以为丧心，则以为禽彘，可谓之”非常人“哉？
奏疏上去两天以后，元标廷杖八十，谪戍都匀卫。天启年间，元标为左都御史，一次在进侍经筵的时候，跌倒下去。燕宗连忙派内官去慰问，大学士朱国祚说道：“元标在先朝，因为直言受杖，至今步履犹艰。”四十余年的事了，这一次的廷杖，留下不灭的遗迹。元标后来也曾说过：“大臣和言官不同：言官只要风裁卓绝，大臣非大利害，即当护持国体，那能和少年一样地轻动？”大致他对于万历五年的建言，感觉到一些懊悔。万历十年，居正身死，次年，革除官荫谥号，直至天启年间，才能追复官职，那一次却完全得力于元标底建议。
在这两次廷杖中间，福建巡抚庞尚鹏有书到居正，为诸人营救；南京操江御史张岳上疏请令居正奔丧。西南方的彗星，还是直射到东北，苍白色的光芒，造成万历五年十月间的恐怖。群臣都感觉不安，谣言好比没有根蒂的柳絮一样，正向四围激荡。有的甚至说居正豫备造反，情形离奇到不成样子。神宗底上谕又下了：朕承天明命，为天下君，进退予夺，朕实主之，岂臣下所敢自擅。元辅张居正，受皇考顾命，辅朕幼冲，掳忠宣酸，迅成化理，以其身任天下之重，岂容一日去朕左右！兹朕体其至情，厚加恩恤，凡人子所以荣亲送终之典，备极隆异，元辅孝思，已无不尽，亦不在此一行。且纲常人纪，君臣为大，元辅既受皇考付托，义不得复顾其私，为朕倚任，义不得恝然自遂。朕为社稷至计，恳切勉留，群臣都当助朕留贤，才是同心为国。叵耐群奸小人，藐朕冲年，忌惮元辅忠正，不便己私，乃借纲常之说，肆为挤排之计，欲使朕孤立于上，得以任意自恣，殊为悻逆不道，倾危社稷，大伤朕心。兹已薄示处分，用惩奸罔，凡尔大小臣工，宜各明于大义，恪共职业，共成和衷之治。如或党奸怀邪，欺君无上，必罪不宥。钦哉，故谕。（见奏疏六《乞恢圣度宥愚蒙以全国体疏》）
这一道镇压的上谕，果然奏效，不但谣诼宁静下来，连群臣进言，也因此稍息。谁愿意“乃借纲常之说，肆为挤排之计”呢？居正随后疏称：今言者已诋臣为不孝矣，斥臣为贪位矣，詈臣为禽兽矣，此天下之大辱也，然臣不以为耻也。夫圣贤之学，有遁世不见是而无闷者，人臣杀其身，有益于君则为之，况区区訾议非毁之间乎？苟有以成臣之志，而行臣之忠，虽被恶名，不难受也。臣之所惧，独恐因是而益伤皇上之心，大亏国体之重，凿混沌未萌之窍，为将来无穷之害耳。今诸臣已被谴斥，臣不敢又救解于事后，为欺世盗名之事；前已奏称遵谕暂出，今亦不敢因人有言，又行请乞，以自背其初心：但连日触事惊心，忧深虑切，故敢陈其缕缕之愚。伏愿皇上恢宏天地之量，洞开日月之明，察兆心仰戴之诚，悯迂儒拘挛之见，卓然自信，尽挥群疑，今后凡有言者，谅其无知，勿与较计，宁使愚臣受辱，毋致有伤圣心。仍乞鉴臣初请，俟大礼既成，放臣归葬，则纷纷之议不俟禁谕而群喙自息矣。（同上）
居正疏中虽请神宗恢宏圣度，但是居正底度量，委实亟待恢宏。假如他认识吴中行等只是“迂儒拘挛之见”，那么为什么不能救解于事后？为什么认为上疏救解，只是欺世盗名之事？居正只是心地窄隘，谈不上容人之量。
在七七之中，居正虽然不入阁办事，但是对于国事，始终不曾放手，内阁的公文，一直送到孝闱批阅，十月过去，到十一月初，七七已满，圣谕于初六日吉期，入阁办事。这一天，文书官孙斌宣召居正到平台入见皇上。
“臣父不幸，仰荷圣恩，赐吊赐赙，”居正叩头以后，面奏道：“又遣官治葬，恤典殊常。臣于国家，未有尺寸之功，叨此隆思，感洞心膂。”
“先生孝情已尽了，”神宗说，“朕为社稷，屈留先生。先生只想父皇付托的意思，成全始终，才是大忠大孝。”
居正底眼泪落下了，他说：“伏奉皇上前后谕旨，委曲恳切，臣愚敢不仰体？又昔承先帝执手顾托，誓当以死图报，今日岂敢背违？但臣赋性愚直，凡事止知一心为国，不能曲徇人情，以致丛集怨仇，久妨贤路。今日若得早赐放归，不惟得尽父于微情，亦可保全晚节。”
“先生精忠为国的心，”神宗说，“天地祖宗知道，圣母与朕心知道。那群奸小人乘机排挤的，自有祖宗的法度治他，先生不必介怀。”
殿上沈嘿了半响，神宗又继续地说：“今日好日子，先生可就阁办事。”（奏疏六《谢召见疏》。对话用原文。）
居正叩头谢恩。神宗加赏银五十两、彩段四表里、酒饭一桌；同时再着文书官孙斌送居正到阁。张文明这一死，经过几度的波折，终于在十一月初六日，居正青衣角带，仍回内阁办事。
在夺情起复的中间，还有一件意外的故事。宁国府生员吴仕期听说首辅不奔丧，认为这是人心世道底大变。也许是一种好名的冲动，也许只是衷心的刺激，他决定上疏谏止。事情还没有做，太平府同知龙宗武知道了，立刻告给操江御史胡槚，胡槚再转告居正。恰在此时，南方流传海瑞《劾张居正疏》。海瑞自从隆庆四年罢官，久已回到琼山，只因在应天巡抚任内，声名太大，所以这篇惝恍离奇的奏疏，居然流传一时。居正、胡槚当然知道没有海瑞上疏的事，但是在揣摩伪疏作者的时候，大家都想到吴仕期。居正一面把胡槚底奏疏搁起。一面再和他说：承示狂犯之狱，不胜骇异，诈传诏旨，律有明条，彼自罹于辟，谁得而贳之！但详其伪疏之意，不过以海君为世望人，故托之以阴鼓异类，窥窃虚名，而不知先陷于大辟之罪，所谓喷血以自污，求名而不得，可恶也，亦可哀也。近年以来，人心不正，邪说横行，包藏祸心，欲伤善害正者何限，特斯人不幸而败露耳。大疏一上，主上必且震怒，根求党与，其所芟除，将恐不止斯人，虽群小自作之孽，无所归咎，然于宇宙太和之气，得无少损乎？吾闻国君不仇匹夫，虮虱之流，杀之不武。公若不以告我，死生惟命，不敢与闻，今既已知之，则愿以解网之仁，乞之于左右。大疏特令差人停进，惟高明裁之。（书牍十一《答操江胡玉吾》）
仕期这时已入太平府狱中，胡槚正在等待上疏的结果。居正复书来了以后，胡槚看清居正不愿株连的意思，当然他再给信宗武。七天以后，仕期果然在太平狱中被笞身死。一件刑事重案就算用政治处分结束了。对于这一件事，胡槚、龙宗武都应当负责，就是居正也不免要负道义的责任，但是他最初只是不愿株连，却想不到会发生严重的后果。
万历五年十一月到了，黄星底苍白色的光芒，还是向东北直射。就在这一月，再由神宗下诏考察京官。本来京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，举行京察的，称为“闰察”。武宗时代，宦官刘瑾当权的时候，阉党吏部尚书张彩请不时考察京官，留下一个恶例，现在是居正运用这个恶例的时候了。居正本来不相信自然界的现象对于人事会有什么关系的。他自己不曾说过吗？“夫天道玄远，灾祥之应，皆未可知。孤尝学此于天官氏矣，考其占验，咸属茫昧。”（书牍九《答河道吴自湖》）所以他假借星变的名义，举行闰察，排除异己，不能不算是一种褊狭的行为。在这一次京察，主张维持纲常名教的调任南京礼部尚书何维柏罢职了，请令居正驰驿奔丧的南京操江御史张岳罢职了，疏救吴中行等的侍读赵志皋，调任南京国子司业张位也罢职了。居正死后，吏部尚书杨巍疏称“六年京察、祖制也，若执政有所驱除，非时一举，谓之闰察，群情不服，请永停闰察。”万历十三年，永停闰察，便是这一次的后果。
万历五年九月以后，居正在百感俱集的当中，决定了两件大事：第一是河漕机构的合并，第二是各省田亩的清丈。
明代对于河、漕的事务，最初分属于两个机构，河道总督专管黄河，漕运总督专管漕运。其后漕运总督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍属河道总督。但是从淮安到茶城，借河为漕，河道总督底职权，只能管到这一段的黄河，对于河南以上的黄河，其实没有管到，当时也没有整理黄河上游的主张。因此河、漕两个机构，永在摩擦的当中。这是一向的事实。万历四、五年间，河道总督傅希挚更和漕运总督吴桂芳不断地争执。五年九月，调山东巡抚李世达为河道总督。调河道总督傅希挚为陕西巡抚。居正以为有了办法，但是随即发现这是制度的问题，不是人的问题。十月中，再把世达调开，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河、漕、提督军务。（《明史·河渠志》“五年命桂芳为工部尚书兼理河漕。”语误。兼理河、漕在五年、进工部尚书在六年。明《万历实录》、《明史稿》及《明史·吴桂芳传》语皆合。）河、漕两个机构，到此正式合并。六年之初，居正有信给桂芳说：治河之役，朝廷以付托于公者甚重。……承示，恐流言之摇惑，虑任事之致怨。古人临事而惧，公今肩巨任事，安得不为兢兢？若夫流议怨谤，则愿公勿虑焉。孤浅劣无他肠，唯一念任贤保善之心，则有植诸性而不可渝者。若诚贤者也，诚志于国家者也，必多方引荐，始终保全，虽因此冒险蒙谤，亦无闷焉。顾近一、二当事者，其始未尝不锐，至中路反为人所摇，自乖其说，或草率以塞责，或自障于垂成。此岂庙堂不为主持而流谤之果足为害耶？子产曰，“政如农功，日夜以思之，思其始而图其终，行无越思，如农人之有畔。”愿公审固熟虑，集思广益，计定而后发，发必期成。至于力排众议，居中握算，则孤之责也。使孤得请而归，后来之事，诚不可知；若犹未也，则公可无虑矣。（书牍十《答河道司空吴自湖言任人任事》）
不幸就在六年正月桂芳病死，随后再命潘季驯为右都御史兼工部左侍郎、总理河漕，至此河、漕方面得到一个正当的解决。
明代以前，国家岁入，以赋役为大宗，赋是田赋，役是丁役。要整顿国家底收人，便要从调查田地和户口人手。滕文公要行仁政，使毕战问孟子，请他指示井地的办法。孟子说：“子之君将行仁政，选择而使子，子必勉之。夫仁政必自经界始。经界不正，井地不钧，谷禄不平，是故暴君汙吏必慢其经界。经界既正，分田制禄，可坐而定也。”孟子这几句话，固然透露他对于井田的理想，但是行仁政必自经界始，是一句颠扑不破的话。当时推有把田地、丁口，调查清楚以后，人民底担负才能平均，不至于有一部分逃避责任，另一部分加重担负的流弊。
太祖洪武二十六年的调查；户一千六百五万二千八百六十，口六千五十四万五千八百十二，田八百五十万七千六百二十三顷。到孝宗弘治四年重行调查的时候，中间经过九十八年的休养生息，贵州又经开辟，无论丁口和田地方面，都应当有巨额的增加，但是实得的只有户九百十一万三千四百四十六，口五千三百二十八万一千一百五十八，田六百二十二万八千五十八顷。（田土调查在弘治十五年。《明史·食货志》载天下土田止四百二十二万八千五十八顷。嘉靖八年霍韬言天下额田已减强半，其言皆误。盖嘉靖间修《会典》设以六百余万顷为四百余万顷。今以万历本《会典》考之，应作六。）这里的结论不是丁口、田地底减少而只是担负赋税的丁口、田地减少了。豪门的家奴，两京的匠役，都免除了役底义务，于是便有卖身投靠和冒充匠役的人民；再不然，便行贾四方，举家舟居，调查户口的也就无从着手。至于田地，也有拨归王府的，也有隐托豪宗的；再不然，在治安有问题的地方，当然更谈不上征收。担负赋税的丁口、田地减少，一切的责任又加到其余的人民身上，更加造成政治上的不平。万历五年十一月，居正疏请调查户口、田地，凡庄田、民田、职田、荡地、牧地，一概从实丈量，限三载竣事。（《明史纪事本末》作万历五年十一月，《明史·食货志》作万历六年，《明纪》作万历七年十一月。按万历本《明会典》卷十七有万历六年田土实数。盖疏请在五年，而开始调查则在六年。）这一件事业的完成，在居正归葬以后，姑且不谈。万历九年，萧廪为陕西巡抚，尽管诏书严催调查隐田，萧廪吩咐部下只要和旧额相等，无须多报。（《明史》卷二二七《萧廪传》）史册流传，以为美谈。其实对于少数人的宽容，恰恰增加多数人的担负，这一点最简单的政治常识，当时人没有看到，反而认为居正底主张，过于苛刻，不能不算是历史上的怪事。