商鞅在秦孝公的支持下，合并乡邑为县，每县设立县令、县丞，在全国设立了三十一个县，每个县又都安排了县令、县丞（集小乡邑聚为县，置令、丞，凡三十一县——《商君列传》，《秦本纪》是四十一县），县令、县丞必须由国君直接任命。

这项制度看起来并不起眼，只是合并了一些行政区划，但是，它的内容绝非那么简单。把国家的基层政权设置为县，由国君直接任命县令、县丞，这一套基层政权的建制刚好是秦始皇统一帝国后在全国范围内设立郡县制的雏形。此项措施具有两个划时代的重大意义：一是基层政权的长官由国君亲自任命，而国君直接任命从中央到地方的官吏，是中国两千多年中央封建集权制的肇端。二是它初步打破了世卿世禄的世袭制，直接催生了官僚制。

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