西昌战役后西康军区部队便集中兵力对雅安、西昌、康定地区之土匪，采用分区包­干­办法清剿。各清剿部队在少数民族地区执行任务，认真执行党的民族政策，严明纪律，赢得了各族人民的拥护和爱戴。在人民群众的支援帮助下，在1950年的剿匪作战中，西康军区部队共剿灭股匪万余人。

贵州军区所辖范围宽广，兵力不足，开始时又未能集中兵力对大股土匪进行重点清剿，因而开始阶段剿匪成效不大。1950年3月，军区召开剿匪会议，调整了剿匪部署，并决定主动撤出27个县，集中兵力清剿交通线两侧及经济富庶地区的股匪。4月份即歼灭股匪万余人，取得较好成绩，到5月底，共歼灭匪特万余人。从7月开始，贵州军区剿匪部队对盘踞石阡、雷山和黔南长顺、紫云、惠水地区的股匪展开合围进剿，到1950年底，先后歼灭了“黔东北*人民自救军”、“黔东南绥靖司令部”和“贵州人民*救国军”、“川黔湘*自救军”、“黔桂边区人民*救国军”等主要股匪。在全年的剿匪作战中，共歼灭股匪19万余人。

云南是采取和平方式解放的，开始由于对土匪的严重程度估计不足，重视不够，加上起义部队不断发生叛乱，致使土匪数量迅速增加。楚雄地区的新平、易门、牟定、广通县城先后被股匪占领，玉溪地区的征粮工作被迫停止，蒙自、文山以及滇缅公路两侧地区的情况更为复杂，据1950年5月份统计，云南地区的股匪人数已达万余人。针对这一严重情况，云南军区决定采取集中兵力、分片包­干­的办法，以第13军9个团、第15军第43师和第14军第42师等部，分别对楚雄、玉溪、新平、昭通、华坪、永胜等地股匪展开重点围剿。各进剿部队按照统一部署，在积极开展军事清剿的同时，大力进行发动群众，开展政治攻势，瓦解匪部。到1950年底，全省共剿灭股匪万余人，收复被股匪占领的县城10余座。残存土匪大部转向省县边沿和国境线附近地区活动。

西南地区军民，经过1950年的积极进剿，共剿灭股匪85万余人，社会秩序和人民生产、生活趋于正常。毛泽东在收到西南军区1950年剿匪工作总结报告后，非常高兴，于1951年1月28日复电说：你们1月6日送来的1950年一年剿匪工作总结报告，收到阅悉，路线正确，方法适当，剿灭匪众85万人，缴枪40万余支，成绩极大，甚为欣慰，望即通令所属，予以嘉奖。

1950年，西南地区主要股匪被歼灭以后，大量残匪流窜在省县结合部山区和滇缅（甸）边境地区。在四川西北、大小凉山及云南边沿少数民族地区，溃散土匪利用边区地形险要交通不便以及原有的社会关系进行潜伏，以伺机建立新的反动组织。他们挑拨民族关系，拉拢少数民族上层反动分子，有的还混入人民政府基层组织和群众团体。据川东地区统计，在此期间，新发现反革命组织59个，破获反革命*50余起，发生暗杀解放军人员及地方­干­部157次，投毒223起，纵火事件316次。各地土匪在扩充实力的同时，还极力与台湾国民党联系，争取空投补给，妄图在四川边沿山区建立所谓“陆上台湾”。在1952年内，他们就接受台湾空投10次，除补给物资以外，空投特务14人、电台13部。活动于黑水地区的傅秉勋和川甘青边之马良匪部，在此时期均发展到数千人。这些土匪四处­骚­扰破坏，严重影响到国家的重建和人民生活的安定。

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