1943 年 3 月，实行党的一元化领导方针后，原中共巢合庐中心县委仍直属皖中区党委领导，并将皖中抗日根据地中心区巢县、无为地区划分为直属县，成立中共巢无县委亦归区党委直接领导。
在区党委的坚强领导下，中共巢无县委全力以赴，着力加强根据地的各项基础建设。他们积极组织民众兴修水利，保障农田的灌溉；大力推动教育事业的发展，开办多所学校，提升民众的文化素养；努力完善医疗卫生体系，为民众的健康提供保障。通过这一系列的举措，充分发挥了中心县委中心区对根据地其他地区的示范和支援作用，成为了其他地区学习和借鉴的榜样。
与此同时，中共巢合芜中心县委也毫不懈怠，在扩大游击区方面倾尽全力并做出了不懈的努力。他们深入敌后，巧妙地与敌人周旋，不断开辟新的游击区域。积极发动群众，壮大抗日力量，为根据地的拓展和巩固立下了汗马功劳。
随着斗争形势和任务的不断变化，1943 年，皖中抗日根据地部分地区的领导关系也相应进行了调整。1943 年冬，中共巢合庐中心县委被撤销，原辖的巢湖以北地区被划入淮南抗日根据地，归属中共淮南区党委与新四军第二师的活动地区。1944 年底，中共皖南地委由无为东迁入江南铜陵县之后，无东、无南地区改由区党委直接领导，就近接受临江县委的工作指导。
1945 年 8 月，中共皖江区党委做出决定，成立中共皖中地委以及皖中专员公署。同时，任命孙仲德为地委书记兼军分区司令员兼政委，陆学斌为专员，旨在对巢县、无为、庐江地区实行统一领导。然而，不久之后，由于抗日战争取得胜利，形势发生变化，中共皖中地委及专属军分区组织未能正式建立并行使职能。
1943 年 3 月，中共巢合庐中心县委依然由中共皖中区党委直接领导，并且派来了新四军第七师民运部长余再励等一批干部，以加强领导力量。中心县委持续以巢县以南地区作为依托，朝着巢县城至合肥下塘以及淮南铁路两侧的地区展开活动和谋求发展。淮南铁路沿线属于日伪占领区，巢县以北至铁路之间为日伪控制区，巢湖以西至合肥则是国民党收编的土匪活动区。为了进一步执行与新四军二师打通并保持战略联系的方针，依照区党委和皖中军区的指示，巢无中心县委与巢无游击队仍然将分化瓦解与争取伪军土匪的工作，以及坚持敌后斗争作为中心工作。
采取打击与争取相结合的斗争策略。经过县委与各地党组织以及武装部队的不懈努力，多数伪匪组织逐渐改变了态度，选择保持中立。县委从而能够将主要力量用于对付日伪军，朝着敌后地区拓展，逐步建立和巩固了巢县中庙以北至肥东西山驿、马集、店埠一带的抗日游击根据地的基本区域。在肥东青龙厂一带成功打通了与淮南根据地的联系，并向合肥以北的岗集、瓦埠湖一带开辟和发展了抗日游击区。为了就近领导并进一步发展、巩固巢合抗日游击区，同年下半年，县委机关由巢南高林桥的班家巷迁入肥东白龙厂一带开展活动。
1943 年 7 月，日军为挑动国共摩擦，先后放弃进入巢无庐地区的黄姑闸、盛家桥等据点。驻皖西和庐江城的国民党军队趁机向巢湖西南地区逼近，封锁了巢合庐中心县委与区党委的交通线。自此，巢合庐中心县委与游击支队的活动主要就近归中共淮南津浦路西地委和新四军二师指挥。此后，巢合庐中心县委与区党委的联系日益艰难。同年 12 月，经中共皖中区党委请示华中局决定，巢合庐中心县委改为巢合县委，不久划归淮南区党委津浦路西地委领导。县委原辖的庐北、槐林区委，划入白湖中心县委辖区。巢北的巢二、巢三，淮夏，黄山区归中共巢合县委领导。
中共巢合庐中心县委于 1943 年 3 月成立，至 1943 年 12 月期间，书记为余再励，副书记是程明远，委员有唐晓光、高立忠、杜大公、周心抚、宋浩明、雷文、夏长根。
中共巢合县委会于 1943 年 12 月成立，一直持续至 1945 年 8 月。期间，书记为程明远，委员有杜大公、熊振作、宣济民、张帜、李元、陈振亚、汪登科。
汪登科委员任职期间是 1944 年夏至 1945 年 8 月。
中心县委县委工作机构中，秘书为李隐之，任职时间为 1943 年冬至 1945 年 8 月。组织部部长先后为杜大公、陈振亚，杜大公的任职时间是 1943 年 3 月至 1944 年 5 月，陈振亚的任职时间是 1944 年 8 月至 1945 年 8 月。宣传部部长为熊振作，任职时间从 1943 年冬天到 1945 年 8 月。
巢合办事处成立于 1944 年 5 月，直至 1945 年 8 月。1944 年 5 月，为巩固和扩大巢合地区，淮南津浦路西专员公署决定成立巢合办事处。其下辖巢二、巢三、淮夏、黄山及西山驿、磨店、肥南、吴店、西黄九区政权，机关驻合肥肥东白龙厂小邢庄。1945 年 8 月，巢合办事处撤销，主任为张帜，任职时间为 1944 年 5 月至 1945 年 8 月。