所以，刘秀登位以后，知道伏湛是名儒老臣，就想让他主管朝廷机要。

于是，刘秀就召拜伏湛为尚书，派他主管修订旧有制度，以适应新朝廷的需要。加上当时大司徒邓禹西征关中，刘秀认为伏湛的才能足以胜任宰相，因此，就拜任伏湛做司直（副宰相），行大司徒事。

刘秀车驾每每出外征战，伏湛就常常留京镇守，总管各部门。

其他有功将帅，刘秀也均授予他们爵位封地。因此，人心安定。

然而，刘秀虽然登基称帝，但实际拥有的地盘，主要是在黄河以北。他们实际攻占控制的，也多是北方一些中小城市。

这对于一个雄才大略的政治家刘秀来说，他是绝不会满足于偏安一隅的。

于是，刘秀下令部将大司徒邓禹继续对玄汉朝廷，以及赤眉的大军发动攻击，夺取西京长安周围的郡县与城市。

其时，河东已定。邓禹就接受刘秀的命令，从汾阴（今山西省宝鼎）西渡黄河，进入夏阳（今陕西省韩城东南）郡。

玄汉朝廷左辅都尉公乘翕，闻听邓禹大军兵临城下，就率领大军十万人，以及夏阳郡的地方部队，在衙城布防，企图抵御邓禹大军。邓禹立即发动攻击，公乘翕大军毫无斗志，失败溃退。

接着，刘秀又派遣骠骑大将军景丹，建威大将军耿弇，强弩将军陈俊，率领各自的军队，攻击在京县，密县之间活动，拥有部队十多万人，自称“厌新将军”的刘姓皇族刘茂。

刘茂不能抵挡，举手投降，归顺刘秀，被刘秀封为中山王。

这样，京县，密县，颍川，汝南等地，都在刘秀的控制之下。

七月二十九日，刘秀亲率大军，进入怀县。他派遣建威大将军耿弇，强弩将军陈俊驻屯五社津，监视荥阳以东局势的变化，防备荥阳以东的梁王刘永的突袭，掩护自己左侧背的安全。

不久，刘秀又沿黄河而上。他命令大司马吴汉率领建义大将军朱祐等十一位将军，包围由玄汉左大司马朱鲔固守的洛阳。

八月，刘秀亲自到与洛阳一河之隔的河阳坐镇，指挥大军发动围攻洛阳的战役。

玄汉中央朝廷的内部的纷争，愈演愈烈。

赤眉大军虽已兵临城下，但这并没有能够使更始帝刘玄与部下们觉醒，并没有使他们的矛盾走向缓和，携手团结，一致对抗外敌。相反地，他们是更加地要想置对手于死地。

玄汉宰相李松，从新丰还军，在更始帝刘玄的亲自率领下，跟赵萌大军联合，反击叛离的王匡的新市兵和张卬的下江兵。

双方一连缠斗数月，王匡联军，最终失败。他们弃城逃离。

于是，更始帝刘玄重新得意洋洋地回到长安城，迁住长信宫。但两虎相争，已经使刘玄朝廷大伤元气。

正当更始帝刘玄在首都长安欢庆攻击叛贼的胜利之际，局势已经急转直下。

那时，赤眉大军已经抵达陕西高陵。逃走的王匡，张卬走投无路，已经投靠并引领着赤眉大军向长安发动攻击。

当初，赤眉首领樊崇等，听从更始帝刘玄召唤，到长安欲归顺刘玄的更始朝廷。他们欲与绿林朝廷联合，谋得封地与爵位。不想，却招更始帝刘玄的冷遇。因而，他们一直对更始帝刘玄忌恨在心。

这样，王匡，张卬的绿林军叛军就与赤眉的大军配合，开始反攻长安的东都门。

宰相李松率玄汉军出战，大败，被赤眉军队生擒。李松的弟弟城门校尉李况，为了拯救哥哥和李姓家族的性命，于是也投降赤眉。他们大开城门，迎接赤眉大军。

九月，赤眉大军攻入长安城。更始帝刘玄见大势已去，就单骑从厨城门逃走。

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