明朝的言官确实不是吃素的，他们有摧毁一切的兴趣，信心和实力。带头挑动新的战役开始的还是言官。户部给事中张齐上了一道奏疏，弹劾徐阶擅作威福，致使天下只知道有他徐阶而不知道有陛下。同时也指责徐阶当年并未能对嘉靖皇帝信道的事情进行劝谏，等先帝死了却推翻了先帝的政策，在严嵩的问题上，徐阶一开始与严嵩交好，等严嵩下台了又不遗余力攻击严嵩。所有这些，证明了徐阶为臣不忠，为友不信，这种人怎么能留在皇帝的身边呢？

徐阶只好立即上疏皇帝自辩，并申请辞职。隆庆皇帝自然知道谁说的有道理，把张齐直接降谪，并好言安慰他的内阁首相。但是徐阶似乎不肯罢休，一连上了三道乞求辞职的奏疏，让隆庆皇帝开始改变了主意。

当时的徐阶已经年近七旬，的确快到了退休年龄，而隆庆皇帝当年的计划，就是由徐阶在一开始辅助朝政，稳定大局，等徐阶年老由高拱顶上，后有陈以勤，张居正辅之。现在徐阶确实已经到了应该离开内阁的时候了，三道辞职奏疏后，隆庆皇帝允准了徐阶的辞职要求，并对其大加褒扬，称其是可以和裴度，范仲淹相比的名相。

徐阶走后，按照资历李春芳担任首辅，内阁只剩下三位阁臣，进补一个内阁大臣迫在眉睫。当年隆庆皇帝在裕王府的老师有四个人，他们是高拱，陈以勤，张居正，殷士儋。其中前三人已经进了内阁，朝野断言，殷士儋进内阁是迟早的事，所以进补的那个内阁大臣的名额估计非他莫属。

果然不久，隆庆皇帝下旨，任命了一名新的内阁大臣。但是当旨意传到外廷的时候，朝野震动，天下大哗。外廷数位官员纷纷上疏皇帝辞职，赶回了老家。言官劳模胡应嘉因病在家，听说了这个消息后病情加重，没几天就死了。

辞职回乡的高拱又回来了。原来，他不甘寂寞，在江南巨富焦树仁的运作下，通过内宫太监的帮扶，使本心器重他的龙庆下定了决心。让他回来接替徐阶的位置，统领内阁。于是高拱回来了，不过他的能力虽强，缺乏容人之量，对于当年打击过他的人，一直怀恨在心，所以担任内阁大臣后往往会寻机报复，这使的各级官员和他产生的矛盾不断，甚至连内阁大臣都与他产生激烈冲突，这些事情没让隆庆帝少烦心。

当年打倒高拱的大臣们，辞职的辞职，退休的退休，病死的病死。他也实在无法怎样做文章，但是该做的他还是会不遗余力的做的。当年弹劾徐阶的言官张齐被罢了官。在高拱的努力下，张齐被平反，官复原职。这虽然不伤到徐阶什么，但是在道义上对徐阶影响很大。张齐的平反意味着当年他弹劾徐阶的内容是对的，变相的是一种对徐阶的批评。

而徐阶自己的后院也起火了，他的三个儿子横行乡里，屡有不法之事，当地的官员没有给这位阁老面子，将其三个儿子全部逮捕。高拱听说后心花怒放，授意地方官将他们全部治以充军之罪，这对晚年的徐阶是一个沉重的打击。

高拱向皇帝建议，要整肃言官。隆庆帝对这个建议深以为然。每天要他来裁决那些无聊的吵架，那些无聊的党派之争，实在是非常的无聊，还不如去找后宫的妃子。比如夏天这么热，皇帝奏章看的无聊了，想搞个活动大家吹吹风多好，可是言官不答应啊，要皇帝在闲暇时间去听大臣们讲经说道。比如他的后宫嫔妃多了点，和她们一起睡觉的时间长了点，都有大臣上疏劝谏，名为劝谏，言辞却直接的很。隆庆帝对此无奈和不解的一塌糊涂，他心想，我做个皇帝把自己该­干­的事情­干­了也就行了，可是不会连我的私生活也要你们­干­涉吧？宫里的事情都这样，至于出宫游玩什么什么的，你想都别想。什么下江南，什么游塞北，什么与民同乐，什么围猎打兔子等等等等事情，简直是天方夜谈。

所谓整肃言官的计划，赵贞吉非常反对，但是这次皇帝和内阁大臣联手，对象也正好是言官，所以高拱的行动得以迅速进行。两个内阁大学士为此问题每天都在内阁的里面拍桌子对骂，吵的不亦乐乎。

这个时候李春芳在连上了五道乞休奏疏后，终于被隆庆皇帝允准退休，隆庆帝虽然知道李春芳没有什么才能，但他很欣赏这种从来不让他烦心的大臣，所以对他挽留充分，褒奖极高。他走了之后，高拱终于成为了内阁首辅。

内阁的争斗就这样告一段落，这个时候的内阁，只剩下高拱和张居正两个人，再也不会有争斗了，至少在隆庆皇帝活着的时候，再也不会出现大家吵架拍桌子对骂甚至打架的地步。只要内阁不乱，隆庆帝就可以把权力下放到内阁去，让他们帮自己处理无数的事情，自己也就乐的清闲，当一个垂拱而治的悠闲皇帝了。

其实这时的龙庆皇帝还有一个烦心的事，就是边境不太安宁。长使他坐卧不安。所谓“北虏南寇”，就是威胁北方边境的蒙古鞑靼和威胁东南沿海的日本倭寇。

倭寇的组成，其实并非都是日本人，里面有很多是从事走私的中国海盗与日本浪人进行勾结，大肆的­骚­扰明朝的东南沿海地带。这些海盗和日本人相勾结就成为了倭寇。他们攻占一个城市烧杀抢掠一番，获得财物走人，就像一群恐怖分子一样让人防不胜防。

但是北虏的问题就让整个隆庆朝廷十分头疼了。

明朝初年对蒙古人打击非常厉害，明太祖数次御驾北征，明将蓝玉一度把蒙古人追到捕鱼儿海，并俘虏了逃往大漠的部分北元宫廷。而明成祖六次御驾亲征蒙古，基本上所到之处，蒙古人就望风而逃，根本不敢交战。这是中原汉人对北方游牧民族最辉煌的时代。但是在明英宗时代，因为一次意外酿成土木之变，皇帝被俘虏，使的明朝的边境形势从进攻转为被动，其后的几十年里，蒙古鞑靼一直不停的­骚­扰明朝北方边境。到了嘉靖时期，蒙古的俺答统一了蒙古各部，重新对明朝形成了巨大的威胁。俺答曾率军攻入古北口直逼北京城下，沿途烧杀数天而去，史称庚戌之变。