安徽即将平稳，福济捞大钱的日子就要来到，他能允许别人向自己的盘里伸勺子吗？李鸿章左右为难，进退不得，感到前途一片渺茫。
咸丰八年（公元1858年）初，形势发生根本性的变化，太平军调集重兵分路进入安徽。李鸿章急忙告假，将母亲及家小再次迁到磨店乡居住。李鸿章当日又赶回大营，随福济迎战太平军。
三月，太平军连破太湖、潜山、桐城、舒城、庐州、三河镇等安徽十几个州县，安徽全境大半陷入战火之中。
次年初，太平天国在江西、浙江、江苏、福建各省大量用兵，太湖、潜山、桐城、舒城、庐州、三河镇等安徽十几个州县，又相继被清军收复。太平军人马有一大半退出安徽。这个时期，安徽较其他省份相对稳定。
咸丰皇帝急调和春离皖，出任钦差大臣督办江南军务，又调江忠义一军进规江西，命福济一人统军两万，在安徽支撑局面。福济大捞银子的时机来到，他一面寻机排挤三品按察使衔的李鸿章，一面开始卖官鬻爵，大行克扣军饷之事。安徽被他搞得乌烟瘴气，官风极其败坏。
李鸿章却预见到太平军不可能就此放过安徽，安徽更大的战火将在后头。他再次告假，紧急赶回磨店乡，会同大哥李瀚章及四位老弟，把阖家老小搬迁到更远的一处山村赁屋居住，磨店乡只留少许家人看守。李鸿章把家小安排停当，方返回大营。
三月，李瀚章丁忧期满，分发湖南为补用知府。李瀚章很快到湖南巡抚衙门禀到，被调任湖南团练帮办、总理湘军报销局。
这时的湖南团练大臣是礼部在籍丁忧侍郎曾国藩。曾国藩能委重任于李瀚章，看中的是李瀚章谨小慎微、忍耐成性的品格。
李瀚章离家不过两日，安徽形势发生根本性的改变。咸丰帝苦心经营的江北大营，竟在一夜间被太平军摧毁，钦差大臣、督办江北军务的德兴阿，率残部逃往邵伯。太平军旋调集重兵分几路进入安徽，几日光景再破太湖、潜山、桐城、舒城、三河镇等十几州县。福济手握重兵，却不会使用，把兵权交给李鸿章，又怕李鸿章功高取而代之，致使安徽的局面比邻近省份坏得更快。弹指间，安徽便不再是从前的安徽，只剩四个州县尚归巡抚衙门管辖。太平军很快兵分三路进逼庐州。
福济一面火速向朝廷求援，一面安排退路。太平军于是不战而破庐州。福济率军一退肥东，再退滁州，这才扎住阵脚。
朝廷震怒，诏斥其调度无方，交部严议。福济有火出不去，竟然迁怒于李鸿章，说李鸿章不听调遣，办差无力，扬言要严参。
李鸿章从张功的口中得知情况，一时方寸大乱，不知如何应付。
这时，朝廷急调湘军统领浙江布政使李续宾所部十二营进皖，配合福济收复已失之地。湘军的营制有别于绿营，每营定额是五百人。李续宾是统领，曾国藩的胞弟曾国华是这支人马的副统领。
福济只好把满腔怒火暂且按捺住，急忙派员加紧为入皖的湘军筹饷。福济为打击、排斥李鸿章，竟不派一个差事给他。无奈之下，李鸿章只好告假回乡下探视母亲。走在路上，他不只一次地警告自己：“苦志忍守，以待气运之转，即有不如意处，付之适然。”
李鸿章回家没几天，湘军李续宾、曾国华率部便进入安徽，不久即攻下太湖、潜山。后与福济军会合，兵锋更锐，竟又连克舒、桐二城。福济于是围庐州，李续宾、曾国华率所部湘军六千五百人攻三河镇。九月，湘军攻克三河镇，太平军退走。李续宾、曾国华当日引军进城。
十一月，太平天国前军主将陈玉成率部逼近三河镇。李续宾、曾国华引军出城迎敌，当日与太平军大战于金牛镇，双方各有伤亡。到了晚上，三河镇突起大雾，太平天国抓住这天赐良机，急调两路重兵环攻湘军大营，太平天国忠王李秀成也赶来助战。经一夜的拼杀，六千湘军无一生还，李续宾、曾国华二将双双战死。
太平军马不停蹄乘胜扑向舒城，舒城复被占据。
福济拨兵去救，未及走到半路，不仅三河镇、舒城复破，桐城也被太平军收入囊中。援军急忙返回。
太平军在以后的几天里，又连占太湖、潜山等州县，福济率兵马一路奔逃，形同漏网之鱼，甚是狼狈。
此时，湘军已移师江西，统帅曾国藩驻节江西建昌。
李鸿章思虑再三，决定到建昌曾国藩处寻条出路。但李鸿章又有些犹豫，他毕竟是安徽巡抚治下的官员，如今离营奔向别处，很有些名不正言不顺，难免授福济以口实。如果福济拿此事参自己擅自离营，他恐怕有一千张嘴也要说不清楚。
投奔曾国藩
在家的几天里，李鸿章茶饭无味，苦闷至极，干什么都打不起精神。正在无可奈何之际，在曾国藩手下担任幕僚的大哥李瀚章，写了一封信给他，称自己在建昌患了水土不服之症，上吐下泻。
李瀚章在信尾又叮嘱李鸿章说：“并无大碍，不要告诉母亲。”
李鸿章眼前一亮，马上给福济去函一封，称兄长在建昌军营病倒，欲告长假去看视。信由昭庆骑快马送进福济军营，时间是咸丰九年（公元1859年）一月。
福济把信翻来覆去看了几遍，并没有看出什么疑点，只得准假。
昭庆到家的当日，李鸿章便简单收拾了一下行装，带上家人张升，易装从近道赶往建昌。
这时候，湘军统帅曾国藩，正陷在丧将失弟的人生低谷中。他独坐桌前，手握一杯茶，两眼盯着桌面上的一张地图细细地观瞧。
这是一张大清国康熙年间，由户部绘制的安徽全省地图。
曾国藩的手指点在三河镇的上面，久久不肯移开。他的六千五百名湘军精锐，就是命丧于此。
恰在这时，一名亲兵悄悄地走进来禀报：“禀大人，合肥李鸿章求见！”亲兵话毕，双手奉上名刺。